人理継続保障機関カルデア
魔術のみ科学のみでは計れない世界を観測し、人類の決定的な絶滅を防ぐという目的の下、カルデア前所長が諸各国の協力を得て設立した特務機関。魔術・科学の区別なく優秀な人材が集められている。魔術と科学技術の粋を極めたカルデアのシステムによって未来の様子を観測され、人類史はその安全を100年先まで保証されていたはずだったが……。
レイシフト（霊子転移）
人間を擬似的に霊子変換（データ化）し、異なる時空に転移させる航法。いわばタイムトラベルと平行世界移動の併せ技。転移は「クラインコフィン（霊子筐体）」と呼ばれる棺桶に似た筐体に入った状態で行われる。
カルデアは当初、48人のマスター候補生たちをレイシフトさせて人理を修復させる計画を立てていた。しかしとある陰謀の結果、47人のマスターたちは行動不能に。現在、レイシフトを行えるマスターは、藤丸のみとなっている。
特異点
平常とは異なる領域。人理修復の旅においては、正史と異なる歴史を刻まれたことで、人類史消滅の原因となってしまった（または成りかねない）ポイントを指す。特異点では人理定礎が大きく揺らぎ、あるいは破壊されており、近未来観測レンズ・シバの機能をもってしても正常に観測することができない。
人類史上、重要なターニングポイントとなった時代と場所は複数存在するが、人類史にとりわけ深刻な影響を及ぼしていると思しき特異点は7箇所。藤丸たちは「人理修復」……すなわち、再び人類史を存続させてゆくために、レイシフトによってそれらを巡っていくこととなった。
人理守護指定・グランドオーダー
人理修復のため聖杯探索の旅に挑む藤丸たちに発令された、カルデア最後にして原初の使命。もともと「グランドオーダー」という言葉は「冠位指定」と表され、複数の意味を有しているが、ここでは「なにより優先されるべき最高位の使命」というような意であると思われる。
絶対魔獣戦線バビロニア
藤丸たちが挑んだ第七特異点の名称。
ギルガメッシュがウルクの北部に建てた城砦と、そこでの戦線を指して語られている。
マスター
サーヴァントを召喚し、従える資格を有する魔術師。ただし、優秀な魔術師が必ずしも優れたマスターになるとは限らない。藤丸は魔術師としては素人だが、新米マスターとして多くのサーヴァントと絆を結んでいる。
サーヴァント（英霊）
神話・伝説上の英雄、また偉業や概念などを霊体として召喚、術式と契約によって縛り、使い魔としたもの。基本的には偉大な伝説や功績を残した「英霊」と呼ばれる存在が呼び出されるが、本来ならば召喚されるはずのないレアな存在を呼んでしまうこともある。
サーヴァントとして現実世界に現界（霊的存在がこの世に具現化すること）した英霊は魔力によって編まれた仮初めの肉体を獲得し、人知を超えた能力を有するが、その維持や力の行使には膨大な魔力を必要とする。